Proteínas: como elas evidênciam de forma marcante o design

Proteínas: como elas  evidênciam  de forma marcante o design

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O argumento da complexidade especificada das proteínas
1. O número e a sequência de aminoácidos em proteínas, tais como enzimas, são cruciais. Alguém pode destruir ou substituir aleatoriamente cerca de 1 aminoácido de 100, sem causar danos para a função da proteína.
2. Apenas  aminoácidos canhotos são utilizados para formar proteínas.
3. Os aminoácidos podem ser unidos somente por ligações petídicas para formar proteínas.
4. Para fazer a ligação, cada aminoácido primeiro deve ser ativado por uma enzima específica.
5. Várias enzimas especiais são necessárias para ligar o RNA mensageiro para ribossomos antes que  a síntese de proteínas pode começar ou terminar.
6. Fora de muitos detalhes até mesmo estas poucas enzimas são complexas e especificadas,  sem  as quais proteínas não poderiam ser sintetizadas. 
7. Um sistema irredutivelmente complexo não pode ser produzido gradualmente por modificações suaves e sucessivas de um sistema precursor, porque qualquer precursor de um sistema irredutivelmente complexo é, por definição, não funcional. Como a seleção natural requer uma função para selecionar, um sistema biológico irredutivelmente complexo, se é que existe tal coisa, teria que surgir como uma unidade integrada para a seleção natural ter como agir. É quase universalmente admitido que um evento tão súbito seria inconciliável com o gradualismo que Darwin imaginou.
8. Esta é a criação de um projetista inteligente, e este é o significado do dicionário da palavra Deus.


As evidências da  origem das proteínas
1. Há muitos processos sobre quais as pessoas falam, de como é possível  inventar novas proteínas (e de muitos trabalhos que resultaram de tais conversas), mas quando essas idéias são empurradas para o ponto de demonstração, todas elas parecem recuar para o reino do teórico.
2. Shapiro admite que não tem nenhuma evidência empírica em "tempo real" para a origem de novos domínios de proteínas e/ou genes por processos darwinianos, mas invoca, como fazem os neo-darwinistas, os dados de sequências de DNA /  similaridade de proteínas/dissimilaridade para tentar alegar que os novos domínios de proteínas foram criados no passado distante de modo que "a engenharia genética natural" pode atualmente criar toda a diversidade que vemos na vida, hoje na Terra.
3. O principal problema nunca é mencionado! Ou seja, pode a informação funcional  e/ou genes de proteínas serem gerados em um modo ' de complexidade de baixo para cima'  pelos processos naturais não guiados neo-darwinianos? A resposta a essa questão, na medida em que as evidências empíricas vem a tona, é um sonoro NÃO.
4. "Agora a evolução deve ter produzido várias funções em simultâneo na mesma proteína" - Cornelius Hunter - 01 de dezembro de 2012
Num estudo naturalistas estimaram o número de tentativas que a evolução teve para construir uma nova proteína. Seu limite superior era de 10^43. ( isto é um dez com 43 zeros ). O limite inferior foi de 10^21.
Estas estimativas são otimistas por várias razões, mas em qualquer caso, elas ficam aquém das várias estimativas de quantas tentativas seriam necessárias para encontrar uma  proteína pequena. Um estudo concluiu que 10^63 tentativas seriam necessárias para produzir uma proteína relativamente curta. E um resultado semelhante (10^65 tentativas necessárias) foi obtido comparando as sequências de proteínas.
Outro estudo descobriu que 10^64 a 10^77 tentativas seriam necessárias.
E um outro estudo concluiu-se que 10^70 tentativas seriam necessárias. Nesse caso, a proteína foi  apenas uma parte de uma proteína maior, que de outro modo era intacta, tornando assim mais fácil a pesquisa.
Estas estimativas são semelhantes, e em comparação com o primeiro estudo que dá o número de tentativas possíveis, você tem um déficit variando de 20 a 56 ordens de magnitude. Claro que fica muito pior para proteínas mais longas.
5. "Porque Proteínas não são recombinadas facilmente, Parte 2" - Ann Gauger - Maio de 2012.
Trecho: "Portanto, temos efeitos dependentes do contexto sobre a função da proteína ao nível da sequência primária, estrutura secundária e estrutura terciária (em nível de domínio) . Isto não augura nada de bom para o sucesso de recombinação aleatória de bits de sequências em dobras funcionais,  proteínas estáveis, ou mesmo para recombinações ao nível do domínio onde é necessária a interação significativa. "
6. The Law of Physicodynamic Incompleteness - David L. Abel - Agosto de 2011.
Resumo: "A Lei da  incompletude física dinâmica" afirma que física dinâmica inanimada é completamente inadequada para gerar, ou mesmo explicar, a natureza matemática de interações físicas (as leis puramente formais da física e química). A lei afirma ainda que os fatores físico dinâmicos não podem causar processos e procedimentos formais que conduzem a função sofisticada. Acaso e necessidade por si só não podem direcionar, programar ou otimizar o sucesso algorítmico/computacional para fornecer utilidade desejada  não-trivial.
7. De tudo isto, é visto que a investigação tem avançado ao ponto de falsificar neo-darwinismo e darwinismo.
8. O design inteligente e seu maior projetista inteligente, Deus, é uma necessidade  para criar DNA, RNA, proteínas etc.
9. Deus existe.

Por que a origem da vida e da evolução do saber Molecular implicam design

Conhecimento molecular é a quantidade mínima de informação útil para que um gene  tenha qualquer função necessária. 1 Se um gene não contém conhecimento molecular, então  não tem função nenhuma, ele não confere qualquer vantagem funcional. Assim, antes de uma região do DNA conter o conhecimento molecular necessário, a seleção natural não desempenha nenhum papel em guiar a sua evolução. Assim, o conhecimento molecular pode ser relacionado a uma probabilidade de evolução.

Note-se que o primeiro passo que cria o conhecimento necessário molecular é vertical, e o passo subsequente que cria informação molecular é inclinado. Essa diferença é importante na medida em que serve para mostrar que a seleção natural pode ajudar a orientar a última transição, mas não desempenha nenhum papel na primeira. Assim, é o tamanho do primeiro passo que determina se ou não um gene pode surgir. Um exemplo simples será agora introduzido para ajudar a esclarecer este
conceito. Considere as seguintes frases:

Note  que o primeiro passo que cria o conhecimento  molecular necessário é vertical, e o passo subsequente que cria informação molecular é inclinado. Essa diferença é importante na medida em que serve para mostrar que a seleção natural pode ajudar a orientar a última transição, mas não desempenha nenhum papel no primeiro. Conhecimento molecular vem antes da primeiro célula auto-replicante, e como evolução depende de replicação de DNA, o mecanismo para origem da complexidade da proteína não pode ser evolução darwiniana. O único mecanismo que resta são reações químicas aleatórias.   Assim, é o tamanho do primeiro passo que determina se ou não um gene pode se tornar funcional, naturalmente. Quanto maior o passo, ou quanto maior a sequencia de amino ácidos das proteínas, menor a probabilidade de que uma sequencia funcional possa surgir por mecanismos meramente aleatórios. Segue um exemplo simples para  ajudar a esclarecer este conceito. Considere as seguintes frases:

Eu tenho um labrador preto de 13 anos que gosta de buscar uma bola de tênis. Seu nome é Bubba.

Meu labrador  preto de 13 anos, Bubba, gosta de ir buscar uma bola de tênis.

Meu 13 anos labrador preto, buba, gosta buscar bola tênis.

Cada frase representa um gene. A primeira frase usa a maioria das letras; portanto, por definição, contém a maior quantidade de informação. A segunda frase usa menos letras, comunica os mesmos pontos e ainda é gramaticalmente correta. A última frase usa o menor número de letras. Se estas sentenças são compostas por seleção aleatória de letras do alfabeto, então a probabilidade de  soletrar a última frase é muito maior do que a primeira. Assim, só a última frase e todas as sentenças semelhantes  são úteis para atribuir uma probabilidade para a evolução de um gene. Neste exemplo, a primeira frase representa informação molecular e a última representa o conhecimento molecular.

Por exemplo, o fragmento da frase, laboratório preto mi, ainda  comunica algum conhecimento. Assim, encontrar o limiar preciso de conhecimento molecular nunca pode ser exato. Ele se baseia em matemática e percepção humana. Pelo menos um biólogo, Richard Dawkins, sugeriu que frases como: "hh n swd dwqdoe ffnfnriiq jddk" ainda conferem uma vantagem seletiva; Portanto, com o tempo essas frases irão evoluir para algo útil, sob a orientação de seleção. Dawkins fez muitas simulações de computador com frases como a descrito acima, e todas eles evoluíram para o resultado desejado. Mas sua programação e lógica são ambos falhos porque a seleção natural não tem um objetivo especifico, de chegar a determinado gene funcional, e  não pode preservar ou otimizar um gene que não oferece nenhuma vantagem seletiva ao longo do caminho (a sentença absurda acima representa um gene que confere nenhuma vantagem seletiva). Um gene deve conter algumas informações úteis antes da seleção natural se tornar ativa. Ou seja, antes que uma célula se torna funcional , e replicação possa ocorrer, uma complexidade mínima que confere função é  necessária para a reprodução e outras funções vitais básicas poderem operar. A chance é o único mecanismo possível que cria o conhecimento molecular inicial. A probabilidade de que o acaso pode atingir este objetivo é proporcional à altura do degrau na figura 1, o tamanho deste passo  determina se ou não um novo gene ou a célula primordial pode emergir.  Se esta etapa é pequena, então o acaso naturalista pode eventualmente explicar o surgimento do conhecimento molecular. Por outro lado, como o tamanho do passo aumenta, a probabilidade de que o acaso cria o conhecimento necessário molecular se aproxima de zero, e em algum limiar crítico, a inferência de design se  torna  válida e mais adequada. Grandes passos estão associados com a evolução dos genes que são completamente diferentes de todos os outros genes existentes. Para estes genes, a probabilidade do acaso encontrar uma solução adequada (mesmo dada 50,000 bilhões de anos) é muito perto de zero. A origem destes genes implica design.



A ciência não tem uma explicação plausível para a forma como os primeiros genes e proteínas evoluíram. 2 Ao invés de varrer este problema para debaixo do tapete, eles rotulam qualquer cientista que realiza experiências ou desenvolve modelos matemáticos e computacionais para analisar esta questão um criacionista. Esta etiqueta destrói a credibilidade científica, tanto do cientista quanto das ideias e descobertas dele (ou dela) .

Esse comportamento pode parecer à primeira vista estranho. Mas existe uma boa explicação para isto. A seleção natural e acaso (mesmo tendo em conta 100 trilhões de anos para operar) não parecem ser capazes de explicar a origem dos primeiros genes e proteínas. Esta observação ameaça a própria natureza da ciência, pois chama a atenção para o fato de que o axioma naturalista poderia ser apenas uma suposição equivocada. A verdade não é mais importante porque o establishment científico deve preservar os axiomas em que se baseia. Assim, os cientistas que não têm fé no axioma naturalista são rotulados criacionistas e suas teorias sobre a evolução são disfarçadas formas  de religião.

Desenvolvedores de simulações de computador como Ev e Avida afirmam que podem gerar novas informações através de algoritmos evolucionários sofisticados. O problema com todos esses algoritmos é ( e não importa o quão sofisticados que são ),  eles precisam de algum tipo de "memória prospectiva".  A seleção natural na natureza porém não tem previsão. Ela não tem objetivo e orientação para onde ir, não sabe para onde está indo. A seleção não pode ocorrer antes de surgirem novas sequências funcionais. Em algoritmos de simulação, todos eles usam estratégias para garantir que o programa irá gerar uma sequência rica em informações. Por exemplo Ev é fornecido com uma sequência alvo (sequência de bases nucleotídicas) que funciona como um local de ligação. Um programa é concebido para que permite Ev de eventualmente converger para a sequência alvo. Ele faz uso de informações que dá ao processo  uma previsão de meta direcionado, que não é como a seleção natural, mas é como seleção humana. "Ev exibe a genialidade de seu criador."

Peça de tropeço: ligação de ATP 3

Há alguns anos, um experimento mostrou que as proteínas curtas construídas aleatoriamente têm a chance de uma em 10^12 tentativas (um milhão de milhões) de ter função. A função, neste caso, era a ligação de ATP, a unidade da célula que gera energia. Enquanto  uma experiência interessante, os resultados fazem pouco para ajudar os proponentes de evolução. Sim, as proteínas se ligam a ATP ou outros produtos químicos, mas que a ligação está em um complexo de coordenação precisa com outras funções. Comparando a ligação ATP com as incríveis façanhas de hemoglobina, por exemplo, é como comparar um triciclo com um avião a jato. 5

E até mesmo a probabilidade de um em cada 10^12 tentativas, embora empalidece em comparação com as chances de construir uma máquina de proteína mais útil, é uma barreira considerável. Se isso é o que é necessário para alcançar até mesmo uma molécula  ATP relativamente simples, então mecanismos naturais teriam que estar  realizando testes incessantemente mal sucedidos. A maquinaria de construção, uso e benefício de um produto potencial de uma proteína teria que estar no lugar, enquanto um fracasso após o outro estaria ocorrendo. Evolução faria Thomas Edison aparecer preguiçoso, executando milhões de ensaios depois de milhões de ensaios antes de encontrar até mesmo a mais ínfima proteína com alguma função útil . Por que esse mecanismo estaria sendo posto em prática em primeiro lugar? Por que ele deveria continuar com o processo de  tentativa e erro? Por que reações químicas  manteriam tal banco de ensaio incompetente?

Respostas naturalistas para essas perguntas são como todas as suas histórias. Ele fez isso porque ele fez isso. E se isso parece improvável, então lembre-se há muitos planetas girando em torno de muitas estrelas, em muitas galáxias. E, para além de que existem os multi-versos. E em qualquer caso, um tipo diferente de vida poderia  ter evoluído. Isto é o que a evolução fez para a ciência. A religião neo-darwinista tomou conta, e a irracionalidade tomou o lugar que deveria ser da racionalidade.

Proteínas e seu design requintado 4



Proteínas são os blocos de construção da vida. Eles são as partes estruturais que dão forma as células, a enzima  constroi ou quebra as moléculas da vida, proteínas motoras transportam produtos moleculares na célula, agentes proteicos enviam sinais e regulam a atividade de outros genes e proteínas. O que determina a atividade e as propriedades de determinada proteína? A sua forma. E o que determina a sua forma? A maneira como a sua cadeia unidimensional de aminoácidos se dobra e se junta. Este é um processo complexo que envolve muitas interações complexas de modo que não podemos prever a estrutura de uma proteína com base na sua sequência com certidão. Para se ter uma ideia do problema, dê uma olhada na foto acima, a figura à esquerda. Esta é uma ilustração de uma única proteína, a porina, cuja estrutura foi determinada experimentalmente. Esta proteína tem cerca de 300 aminoácidos. O que você vê aqui é o arranjo de todas as suas ligações covalentes entre átomos, mostrados como varas. Tentar entender o emaranhado de ligações é difícil. Assim, os cientistas descrevem frequentemente as proteínas numa forma simplificada em desenhos animados que mostram a estrutura secundária da proteína de dobragem. Porina é composta principalmente de folhas beta antiparalelas, vestida de uma forma de barril, com a abertura no centro , Mas nenhuma dessas fotos mostra porina como ela seria se pudéssemos tirar uma foto instantânea. A figura acima à direita é uma visão superficial de porina, mostrando seus muitos botões e buracos e um buraco no meio. Esses botões e reentrâncias permitem porina de montar na sua forma final funcional na membrana, um trímero composto por três cadeias de Porina fortemente acoplados em conjunto.

O que porina faz ? Ela serve como um poro para permitir que moléculas específicas entram no espaço periplásmico da bactéria. O poro tem que ter uma forma e polaridade específica para permitir a admissão de produtos químicos corretos, mas excluir outros, e a parte externa da proteína tem de ser capaz de interagir de forma estável quer com outros ou com as porinas da membrana. Isso tudo depende da informação contida na sequência primária de porina. A pesquisa indica que as sequências que se dobram para uma forma funcional particular são raras. Apenas cerca de uma em 10^77 possíveis sequências funcionais irá adotar uma dobra de 150 aminoácidos de comprimento. O quão rara é porina como uma sequência funcional? Com base nas suas limitações funcionais, é provavelmente tão rara como a dobra enzimática já testada. Meu ponto? Proteínas exibem um design requintado, com complexidade específica extraordinária incorporado em suas sequências. Demasiado a ser o resultado de processos aleatórios.

1) http://www.idnet.com.au/files/pdf/Molecular%20Evolution.pdf
2) http://www.orvosiangol.com/Texts4/Medical_Subjects/Bioethics/Evolution2.htm
3) http://darwins-god.blogspot.com.br/2010/12/how-proteins-evolved.html
4) http://www.evolutionnews.org/2012/05/proteins_and_th059161.html
5) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2279279/

1. A síntese de proteínas e ácidos nucleicos a partir de precursores de pequenas moléculas representa um dos desafios mais difíceis para o modelo da suposta evolução pré-biológica (química).
2. O melhor que se pode esperar de tal cenário é um polímero racêmico de aminoácidos proteicos e não proteicos, sem relevância para os sistemas vivos.
3. Polimerização é uma reação em que a água é um produto. Assim, só será favorecido na ausência de água. A presença de precursores em um oceano de água favorece a despolimerização de quaisquer moléculas que possam ser formadas.
4. Mesmo que existam bilhões de ensaios simultâneos, uma vez que bilhões de moléculas de blocos de construção interagiram nos oceanos ou nos milhares de quilômetros de linhas costeiras que poderiam fornecer superfícies ou moldes catalíticos, mesmo que, como se afirma, não houvesse oxigênio. a terra prebiótica, então não haveria proteção contra a luz UV, que destruiria e desintegraria os compostos orgânicos prebióticos. Em segundo lugar, mesmo que houvesse uma sequência, produzindo uma proteína dobrável funcional, por si só, se não fosse inserida de maneira funcional na célula, ela absolutamente não funcionaria. Ficaria por aí e logo se desintegraria. Além disso, nas células modernas, as proteínas são marcadas e transportadas em rodovias moleculares para seu destino preciso, onde são utilizadas. Obviamente, tudo isso não existia na terra primitiva.
5. Para formar uma cadeia, é necessário reagir monômeros bifuncionais, isto é, moléculas com dois grupos funcionais para que se combinem com outros dois. Se um monômero uniforme (com apenas um grupo funcional) reage com o final da cadeia, a cadeia não pode crescer mais nesse extremo. Se apenas uma pequena fração de moléculas unifuncionais estivesse presente, polímeros longos não poderiam se formar. Mas todas as experiências de 'simulação prebiótica' produzem pelo menos três vezes mais moléculas unifuncionais do que moléculas bifuncionais.
6. Nos organismos modernos, a ligação de aminoácidos e a ligação de um aminoácido ao próximo para formar uma proteína é um processo altamente sofisticado e complexo. Cada aminoácido é ativado para superar uma barreira energética que impede naturalmente a ligação de aminoácidos adjacentes em solução, e a energia para esse processo vem do ATP. Então, as enzimas aminoacil-tRNA sintetase (aaRS) ligam cada aminoácido, em duas etapas, ao tRNA correto. ”Os adaptadores de tRNA são destacáveis ​​quando o aminoácido é unido ao final da proteína em crescimento. Como poderia / teria ocorrido a transição do alongamento e formação de proteínas não enzimáticas, desde quando essa maquinaria não existia no início da Terra, para o processo promovido pela maquinaria Cell? A imensidão dessa lacuna não pode ser exagerada.









1. The synthesis of proteins and nucleic acids from small molecule precursors represents one of the most difficult challenges to the model of pre-biological ( chemical) evolution.
2. The formation of amide bonds without the assistance of enzymes poses a major challenge for theories of the orgin of life. 2
3. The best one can hope for from such a scenario is a racemic polymer of proteinous and non-proteinous amino acids with no relevance to living systems.
4. Polymerization is a reaction in which water is a product. Thus it will only be favoured in the absence of water. The presence of precursors in an ocean of water favours depolymerization of any molecules that might be formed.
5. Even if there were billions of simultaneous trials as the billions of building block molecules interacted in the oceans, or on the thousands of kilometers of shorelines that could provide catalytic surfaces or templates, even if, as is claimed, there was no oxygen in the prebiotic earth, then there would be no protection from UV light, which would destroy and disintegrate prebiotic organic compounds. Secondly, even if there would be a sequence, producing a functional folding protein, by itself, if not inserted in a functional way in the cell, it would absolutely no function. It would just lay around, and then soon disintegrate. Furthermore, in modern cells proteins are tagged and transported on molecular highways to their precise destination, where they are utilized. Obviously, all this was not extant on the early earth.
6. To form a chain, it is necessary to react bifunctional monomers, that is, molecules with two functional groups so they combine with two others. If a unifunctional monomer (with only one functional group) reacts with the end of the chain, the chain can grow no further at this end. If only a small fraction of unifunctional molecules were present, long polymers could not form. But all ‘prebiotic simulation’ experiments produce at least three times more unifunctional molecules than bifunctional molecules.
7. in modern organisms, linking amino acids and bond one amino acid to the next to build a protein is a highly sophisticated and complex process. Each amino acid is activated to overcome an energy barrier that naturally prevents the linking up of adjacent amino acids in solution, and the energy for this process comes from ATP. Then, aminoacyl-tRNA synthetase (aaRS) enzymes bond each amino acid, in two steps, to the correct tRNA.” The tRNA adaptors are detachable once the amino acid has been joined to the end of the growing protein. How could/would the transition of non-enzymatic protein elongation and formation have occurred from when this machinery was non-extant on early earth, to the process promoted by the Cell machinery? The hugeness of this gap cannot be overstated.