Quais são os mecanismos REAIS da biodiversidade, substituindo especiação primária / macro-evolução?
https://elohim.catsboard.com/t298-quais-sao-os-mecanismos-reais-da-biodiversidade-substituindo-especiacao-primaria-macro-evolucao
The various codes in the cell
https://reasonandscience.catsboard.com/t2213-the-various-codes-in-the-cell
Where Do Complex Organisms Come From?
https://reasonandscience.catsboard.com/t2316-evolution-where-do-complex-organisms-come-from
How does biological multicellular complexity and a spatially organized body plan emerge?
https://reasonandscience.catsboard.com/t2990-how-does-biological-multicellular-complexity-and-a-spatially-organized-body-plan-emerge
A macroevolução também foi definida pelo professor Jerry Coyne como "grandes mudanças na forma do corpo ou a evolução de um tipo de planta ou animal de outro tipo"
Professor Behe: Para dizer que alguma função é compreendida, todas as etapas relevantes do processo devem ser elucidadas. As etapas relevantes nos processos biológicos ocorrem, em última análise, no nível molecular, de modo que uma explicação satisfatória de um fenômeno biológico, como visão, digestão ou imunidade, deve incluir uma explicação molecular. Não é mais suficiente, agora que a caixa preta da visão foi aberta, para uma 'explicação evolucionária' desse poder de invocar apenas as estruturas anatômicas de olhos inteiros, como Darwin fez no século 19 e como a maioria dos divulgadores da evolução continuam Para fazer hoje. A anatomia é simplesmente irrelevante. O registro fóssil também. Não importa se o registro fóssil é ou não consistente com a teoria da evolução, mais do que importava na física que a teoria de Newton fosse consistente com a experiência cotidiana. O registro fóssil não tem nada a nos dizer sobre, digamos, se ou como as interações de 11-cis-retinal com rodopsina, transducina e fosfodiesterase poderiam ter se desenvolvido passo a passo. Nem os padrões da biogeografia, ou da genética populacional, ou as explicações que a teoria da evolução deu para órgãos rudimentares ou abundância de espécies.
Para uma compreensão completa dos processos biológicos que definem o desenvolvimento intrincado da arquitetura do corpo com impressionante precisão, a orquestração do desenvolvimento do organismo, forma celular e tecidual, organização e forma corporal, é necessário compreender o máximo possível de elementos integrativos dos sistemas biológicos . A formação de padrões complexos envolve numerosos mecanismos biomoleculares altamente intrincados que levam à formação de estruturas de tecido. Isso inclui o fornecimento de informações que fornecem pistas mecânicas que direcionam as mudanças e movimentos da forma intra e extracelular no nível das células individuais, mas também do substrato do tecido como um todo. Responder às perguntas sobre como células, tecidos e organismos se desenvolvem e se formam com maestria, precede a pergunta SE as afirmações evolucionárias são respostas convincentes, explicando SE as mudanças evolutivas permitem uma zona de transição macro-evolutiva primária puramente cega, morfogênese de um organismo inteiro movendo-se e transformando-se em um espécie para outra em um nível de especiação de primeiro grau, onde surgem novos membros, como asas, olhos, orelhas, pernas, braços e assim por diante. O fato e a verdade são que a ciência ainda está longe de ter uma resposta completa para essa pergunta. Mas o que sabemos permite tirar conclusões importantes.
Os seguintes mecanismos estão envolvidos no desenvolvimento e crescimento do organismo:
1. A rede de regulação gênica orquestra a expressão gênica
2. Várias vias de sinalização geram tipos e padrões celulares
3. Pelo menos 29 códigos epigenéticos são multidimensionais e realizam várias tarefas essenciais para a estrutura e desenvolvimento celular
4. Comunicação célula-célula em várias formas, especialmente importante para o desenvolvimento animal
5. A dança da cromatina no núcleo por meio de motores extensíveis afeta a transcrição e a regulação gênica
6. Modificações pós-transcricionais (PTMs) de histonas afetam a transcrição do gene
7. O código de metilação do DNA é como um código de barras ou marcador, o grupo metil indica, por exemplo, quais genes no DNA devem ser ativados.
8. A expressão dos genes homeobox e Hox é necessária para a diferenciação regional ou local correta dentro de um plano corporal
9. O DNA não codificador (DNA lixo) é transcrito em moléculas de RNA não codificantes funcionais e liga ou desliga os genes codificadores de proteínas.
10. Transposons e retrotransposons regulam genes
11. Centrossomas desempenham um papel central no desenvolvimento
12. O arranjo preciso do citoesqueleto fornece informações estruturais críticas.
13. Os alvos da membrana fornecem informações cruciais - coordenadas espaciais - para o desenvolvimento embriológico.
14. Canais de íons e campos eletromagnéticos influenciam a forma de um organismo em desenvolvimento
15. O "Sugar Code" forma estruturas ricas em informações que influenciam o arranjo de diferentes tipos de células durante o desenvolvimento embriológico.
16. Genes de polaridade do ovo codificam macromoléculas depositadas no ovo para organizar os eixos
17. Os hormônios são mensageiros químicos especiais para o desenvolvimento
18. Fatores de crescimento de morfógenos secretados direcionam as decisões sobre o destino das células durante o desenvolvimento embrionário.
19. Um código de adesão garante a formação de padrão robusto durante a morfogênese do tecido
O tipo de célula e os padrões encontrados no reino animal são gerados pelas seguintes vias de sinalização:
- Ouriço (Hh)
- Relacionado ao Wingless (Wnt)
- Transformando o fator de crescimento-β (TGF-β)
- Receptor tirosina quinase (RTK)
- Janus quinase (JAK) / transdutor de sinal
- Ativadores de proteína quinases de transcrição (STAT)
- Vias do hormônio nuclear
- Proteínas morfogenéticas ósseas (BMP)
- Receptores do fator de crescimento epidérmico (EGFR)
- Fatores de crescimento de fibroblastos (FGF)
- metilação de DNA
- Modificação de histonas e incorporação de variantes de histonas
- Remodelação da cromatina em células eucarióticas
- Regulação epigenética mediada por RNA não codificante
Os códigos geneticos e epigenéticos:
1. Os mais de 30 códigos genéticos diferentes
2. O código de adesão
3. O código de Apoptose
4. O código bioelétrico
5. O código do Biophoton
6. O código do Cálcio
7. O código coativador / corepressor / epigenético
8. O código de metilação do DNA
9. O código de especificidade de substrato de domínio das sintetases de peptídeos não-ribossômicos (NRPS)
10. O código Regulador Genomic
11. O código Glycomic
12. O código Histone
13. O código HOX
14. O código Metabólico
15. O código de taxa de pico neuronal
16. O código não ribossomal
17. O código do Nucleossomo
18. O código de Fosforilação
19. O código de modificação pós-tradução para fatores de transcrição
20. O código de RNA
21. Os códigos de emenda
22. Os códigos de transdução de sinal
23. Os códigos de integração de sinais
24. O código do Açúcar
25. O código adesivo sináptico
26. O código do fator de transcrição
27. O código cis-regulatório transcricional
28. O código da Tubulina
29. O código da Ubiquitina
Explicar a origem da forma de organismos multicellulares depende de explicar como os órgãos, tecidos e células se formam e ganham forma. No nível mais baixo da hierarquia, a formação de células em um organismo multicelular depende da especificação de:
1. Morfogênese de várias células, estruturas e formas eucarióticas
2. Determinação e diferenciação do destino celular (fenótipo ou que tipo de célula cada uma se tornará)
3. Crescimento e tamanho das células
4. Desenvolvimento e contagem da divisão celular: as células precisam ser programadas para parar de se auto-replicar após o número certo de divisões celulares
5. Mecanismos de formação de padrão
6. Genes Hox
7. Posicionamento no corpo. Isso é crucial. Membros como pernas, nadadeiras, olhos, etc. devem ser colocados no lugar certo.
8. Qual comunicação é necessária para se comunicar com outras células e a configuração dos canais de comunicação
9. Quais funções sensoriais e de estímulo específicas são necessárias e as células devem adquirir em relação ao seu ambiente e arredores?
10. Quais novas funções regulatórias específicas as células precisam adquirir
11. Quando o programa de desenvolvimento do organismo expressará os genes para fazer crescer as novas células durante o desenvolvimento?
12. Alterar a regulação na composição da membrana celular e / ou produtos secretados.
13. Especificação das proteínas de adesão célula-célula e quais serão utilizadas em cada célula para aderir às células vizinhas (são 4 classes)
14. Apoptose: programação do período de tempo em que a célula se mantém viva no corpo e quando é hora de se autodestruir e ser substituída por células recém-produzidas do mesmo tipo
15. Configure as demandas nutricionais específicas de cada célula
16. Mudanças na forma da célula
17. Proliferação celular, que é o processo que resulta no aumento do número de células e é definido pelo equilíbrio entre as divisões celulares e a perda celular por meio da morte ou diferenciação celular.
A biodiversidade e a complexa arquitetura do organismo são explicadas por trilhões de bits. Quantidades incríveis de dados muito além da nossa imaginação. Instruções, especificações codificadas complexas, INFORMAÇÕES. Algoritmos magistralmente codificados em várias linguagens epigenéticas genéticas sofisticadas e canais e redes de comunicação. Os neurotransmissores, por meio de nanotubos entre as células, comunicam-se por meio de vesículas e, surpreendentemente, até de fótons de luz. Genes, mas também e especialmente vários códigos de sinalização epigenéticos e bioelétricos através de várias redes de sinalização fornecem direção para moléculas e complexos de macromoléculas, e redes de andaimes engenhosas interpretam e reagem de uma variedade de maneiras após a decodificação e processamento de dados dessas instruções. Uma vez que as vias de sinalização funcionam de uma forma extraordinariamente precisa, de forma integrada sinergética com a rede reguladora da transcrição e interferência complexa de curto e longo alcance entre as células, essas instruções cruciais para formas de vida avançadas, não poderiam ser o resultado de um aumento gradual da informação. Essas redes de informação só operam e funcionam de forma integrada, e tiveram que "nascer" totalmente configuradas desde o início. Os códigos de transmissão, um sistema de regras para converter informações, como letras e palavras, em outra forma, e códigos/cifras de tradução de um idioma para outro são sempre originados de uma mente inteligente. O que vemos em bioquímica são informações instrucionais codificadas incrivelmente complexas sendo armazenadas por meio do código genético (códons) em uma molécula de armazenamento de informações (DNA), codificada (DNA polimerase), enviada (mRNA) e decodificada (ribossomo), também como códigos epigenéticos e linguagens, e várias vias de sinalização. A morfogênese da estrutura e forma do organismo é classificada em dois grupos: Os vários códigos e linguagens instrucionais usando moléculas que fornecem pistas instrucionais complexas de ação com base na informação por meio de sinalização e, em segundo lugar, por moléculas geradoras de força que são precisamente direcionadas por meio desses sinais, que são responsável pela fantástica morfogênese celular. Projetos, informações instrucionais e planos diretores, que permitem a impressionante auto-organização autônoma e o controle de máquinas complexas (máquinas moleculares) e parques fabris requintados (células) sobre estes são sempre rastreados de volta a uma fonte inteligente que fez ambos com propósito, objetivos específicos. Isso nos leva inequivocamente ao design inteligente. Para a origem por um designer inteligente.
Quais são os mecanismos REAIS da biodiversidade, substituindo a macroevolução?
https://www.youtube.com/watch?v=_IGrzrk6iBEre=youtu.be
Por que a teoria da evolução de Darwin não explica a biodiversidade
https://reasonandscience.catsboard.com/t2623-why-darwins-theory-of-evolution-does-not-explain-biodiversity
1. As ciências biológicas descobriram nas últimas décadas que as principais inovações morfológicas, o desenvolvimento e a forma do corpo são baseados em mudanças geneticas, mas dezenas de mecanismos diferentes, mas integrativos, a interação dos genes com a rede reguladora de genes, Trans e Retrotransposons, o chamado DNA lixo, splicing e recombinação de genes e quase trinta sistemas de códigos informativos epigenéticos, alguns, como o código de glicano (açúcar), muito mais complexos do que o código genético, na membrana - lado externo das células, modificações pós-transcricionais ( PTMs) de histonas, hormônios, canais iônicos e campos eletromagnéticos que não são especificados por DNA nuclear, alvos e padrões de membrana, arranjos citoesqueléticos, centrossomos e herança por memória celular que não é definida apenas por sequências de DNA.
2. Esses mecanismos variados orquestram a expressão gênica, geram tipos e padrões celulares, realizam várias tarefas essenciais para a estrutura e desenvolvimento celular, são responsáveis por tarefas importantes do desenvolvimento do organismo, afetam a transcrição gênica, ativam ou desativam genes codificadores de proteínas, determinam a forma do corpo, regulam genes, fornecem informações estruturais críticas e coordenadas espaciais para o desenvolvimento embriológico, influenciam a forma de um organismo em desenvolvimento e o arranjo de diferentes tipos de células durante o desenvolvimento embriológico, organizam os eixos e agem como mensageiros químicos para o desenvolvimento
3. O Neo-Darwinismo e a Síntese Moderna propuseram tradicionalmente uma visão centrada nos genes, uma proposta metabiológica científica que remonta ao "Sobre a origem das espécies" de Darwin, onde primeiro a seleção natural foi proposta como mecanismo da biodiversidade e, posteriormente, a variação genetica que define como os corpos são construídos e organizados. Nem mesmo as alternativas propostas recentemente, como a terceira via, a teoria neutra, a teoria da aptidão inclusiva, o saltacionismo, a ontogenia saltatória, o mutacionismo, a deriva genética ou as teorias combinadas, fazem justiça ao levar em consideração toda a hierarquia fisiológica organizacional e complexidade que a ciência empírica adquiriu descobrir.
4. Apenas uma visão holística, nomeada estruturalismo e a biologia de sistemas, leva em consideração todas as influências que formam a forma e o tamanho das células, o desenvolvimento e o crescimento do corpo, fornecendo descrições adequadas das evidências científicas. O colaborador BIG (guarda-chuva) para explicar a complexidade do organismo é a INFORMAÇÃO complexa instrucional pré-programada codificada em várias línguas e comunicação por meio de sinalização por meio de várias redes de sinalização que atuam em um nível estrutural, que são pré-instruídas ( pre-programadas ) para responder às demandas ambientais, de desenvolvimento e nutrição , e são capazes de se comunicar, sinalizar, regular, governar, controlar, recrutar, interpretar, reconhecer, orquestrar, elaborar estratégias, orientar e assim por diante. Todos os códigos, projetos e linguagens são invenções de inteligência. Portanto, os códigos genéticos e epigenéticos e as redes de sinalização e as instruções para construir células e organismos biológicos complexos foram com maior probabilidade criados por um agênte inteligente.
Células e organismos biológicos são caracterizados por complexidade irredutível e interdependência hierárquica de sistemas de cima para baixo, que é entendida como complexidade de sistemas funcionais irredutíveis. E isso é especificado por códigos e sinais genéticos e epigenéticos informativos usados para configurar e criar projetos instrucionais avançados, que direcionam como os corpos são construídos, mas também como a vida pode se autocorrige, se adapta ao ambiente e evolui. É perfeitamente comparável a como um projeto instrui a fazer máquinas, fábricas e indústrias. Essas coisas vêm, sem dúvida, de uma inteligência preexistente.
Para entender as principais tendências na diversidade animal e se os vários tipos de morfologia são devidos à evolução, devemos primeiro entender como a forma animal é gerada. À medida que a ciência se desvendou, a formação da forma, do fenótipo e da arquitetura do organismo deve-se a vários mecanismos genéticos e, principalmente, epigenéticos interligados e interligados. A síntese evolutiva ampliada e moderna não leva em consideração todos os fatores relevantes. O estruturalismo propõe que a estrutura complexa emerge holisticamente da interação dinâmica de todas as partes de um organismo. Ele nega que a complexidade biológica pode ser reduzida à seleção natural, deriva gênica e fluxo gênico, e argumenta que a formação de padrões é impulsionada principalmente por processos multi-níveis que envolvem várias unidades funcionais, trabalhando de forma interdependente, pré-programadas para responder a questões ecológicas e ambientais e condições, disponibilidade de recursos alimentares e programas de desenvolvimento. Vários códigos genéticos e epigenéticos, uma compreensão integrada dos aspectos estruturais e funcionais da epigenética e várias vias de sinalização, arquitetura nuclear durante a diferenciação, organização da cromatina, campos morfogenéticos, entre muitos outros mecanismos.
1. The Gene regulation network orchestrates gene expression
EVOLUTIONARY BIOSCIENCE AS REGULATORY SYSTEMS BIOLOGY
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3135751/
2. Various signalling pathways generate Cell types and patterns
- Hedgehog (Hh)
Erica Yao, Pao Tien Chuang, Hedgehog signalling: From basic research to clinical applications
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0929664615000340
- Wingless related (Wnt)
Katrin E. Wiese, Roel Nusse, Renée van Amerongen, Wnt signalling: conquering complexity
http://dev.biologists.org/content/145/12/dev165902
- Transforming growth factor-β (TGF-β)
D A Clark, R Coker Transforming growth factor-beta (TGF-beta)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9611771
- Receptor tyrosine kinase (RTK)
Receptor Tyrosine Kinase (RTK) Signaling Transduction
https://www.sinobiological.com/receptor-tyrosine-kinase-rtk-signaling-transduction.html
- Notch
Emma R. Andersson, Rickard Sandberg, Urban Lendahl Notch signalling: simplicity in design, versatility in function
http://dev.biologists.org/content/138/17/3593
- Janus kinase (JAK)/signal transducer
David W. Dodington Harsh R. Desai Minna Woo JAK/STAT – Emerging Players in Metabolism
https://www.cell.com/trends/endocrinology-metabolism/pdf/S1043-2760(17)30150-9.pdf
- Activators of transcription (STAT) protein kinases
Robert A Ortmann,1 Tammy Cheng,1 Roberta Visconti,1 David M Frucht ,1 and John J O'Shea1 Janus kinases and signal transducers and activators of transcription: their roles in cytokine signaling, development and immunoregulation
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC129988/
- Nuclear hormone pathways
Maria Sirakov, Amina Boussouar, Elsa Kress, Carla Frau, Imtiaz Nisar Lone, Julien Nadjar, Dimitar Angelov, Michelina Plateroti The thyroid hormone nuclear receptor TRα1 controls the Notch signaling pathway and cell fate in murine intestine
http://dev.biologists.org/content/142/16/2764
- Bone morphogenetic proteins (BMP)
Richard N Wang 1, Jordan Green 1, Zhongliang Wang Bone Morphogenetic Protein (BMP) signaling in development and human diseases
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25401122
- Epidermal growth factor receptors (EGFR)
https://www.sciencedirect.com/topics/medicine-and-dentistry/epidermal-growth-factor-receptor
- Fibroblast growth factors (FGF)
Nobuyuki Itoh, David M. Ornitz Fibroblast growth factors: from molecular evolution to roles in development, metabolism and disease
https://academic.oup.com/jb/article/149/2/121/837258
- DNA methylation
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23877618
- Histone modification and incorporation of histone variants
https://www.researchgate.net/publication/270654681_Histone_Variants_and_Epigenetics
- Chromatin remodelling in Eukaryotic Cells
https://www.news-medical.net/life-sciences/Chromatin-Remodeling-Mechanisms-and-Importance.aspx
- Non-coding RNA-mediated epigenetic regulation
3. Epigenetic Codes perform various tasks essential to cell structure and development
1. The Over 30 different genetic Codes
2. The Adhesion code
3. The Apoptosis Code
4. The Bioelectric code
5. The Biophoton code
6. The Calcium Code
7. The Coactivator/corepressor/epigenetic code
8. The DNA methylation Code
9. The Domain substrate specificity code of Nonribosomal peptide synthetases (NRPS)
10. The Genomic regulatory Code
11. The Glycomic Code
12. The Histone Code
13. The HOX Code
14. The Metabolic Code
15. The Neuronal spike-rate Code
16. The Non-ribosomal code
17. The Nucleosome Code
18. The Phosphorylation code
19. The Post-translational modification code for transcription factors
20. The RNA code
21. The Splicing Codes
22. The Signal Transduction Codes
23. The Signal Integration Codes
24. The Sugar Code
25. The Synaptic Adhesive Code
26. The Transcription factor code
27. The Transcriptional cis-regulatory code
28. The Tubulin Code
29. The Ubiquitin Code
4. Cell-Cell communication in various forms, especially important for animal development
Genes involved in Cell-Cell communication and transcriptional control are especially important for animal development
Molecular Biology of the Cell, 5th Ed, 2008: page 1308
5. Chromatin dance in the nucleus through extensile motors affect transcription and gene regulation
Transcription and gene regulation Genome topology has emerged as a key player in all genome functions.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5837811/
6. Post-transcriptional modifications (PTMs) of histones affect gene transcription
Post-translational modifications (PTMs) of histones provide a fine-tuned mechanism for regulating chromatin structure and dynamics.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4099259/
7. The DNA methylation code is like a barcode or marker, the methyl group indicates, for instance, which genes in the DNA are to be turned on.
DNA methylation has several uses in the vertebrate cell. A very important role is to work in conjunction with other gene expression control mechanisms to establish a particularly efficient form of gene repression.
Molecular Biology of the Cell, 5th Ed, 2008: Cell, page 467
8. Homeobox and Hox genes determine the shape of the body
https://www.jstor.org/stable/pdf/24996862.pdf?seq=1#page_scan_tab_contents
9. Noncoding DNA ( Junk DNA ) is transcribed into functional non-coding RNA molecules and switches protein-coding genes on or off.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4394429/
10. Transposons and Retrotransposons regulate genes
http://dev.biologists.org/content/143/22/4101
11. Centrosomes play a central role in development
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2734160/
12. The precise arrangement of Cytoskeletal arrays provides critical structural information.
The three major cytoskeletal filaments are responsible for different aspects of the cell’s spatial organization and mechanical properties.
Molecular Biology of the Cell By Bruce Alberts 6th. ed. page 889
13. Membrane targets provide crucial information—spatial coordinates—for embryological development.
Preexisting membrane targets, already positioned on the inside surface of the egg cell, determine where these molecules will attach and how they will function. These membrane targets provide crucial information—spatial coordinates—for embryological development.
14. Ion Channels and Electromagnetic Fields influence the form of a developing organism
https://pure.tue.nl/ws/files/10243383/20151217_CO_Vanegas.pdf
15. The Sugar Code forms information-rich structures which influence the arrangement of different cell types during embryological development.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15174156
16. Egg-polarity genes encode macromolecules deposited in the egg to organize the axes
http://jonlieffmd.com/blog/alternative-rna-splicing-in-evolution
17. Hormones are special chemical messengers for development
https://en.wikibooks.org/wiki/Human_Physiology/The_endocrine_system
Last edited by Admin on Tue 13 Oct 2020 - 0:56; edited 1 time in total
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A macroevolução também foi definida pelo professor Jerry Coyne como "grandes mudanças na forma do corpo ou a evolução de um tipo de planta ou animal de outro tipo"
Professor Behe: Para dizer que alguma função é compreendida, todas as etapas relevantes do processo devem ser elucidadas. As etapas relevantes nos processos biológicos ocorrem, em última análise, no nível molecular, de modo que uma explicação satisfatória de um fenômeno biológico, como visão, digestão ou imunidade, deve incluir uma explicação molecular. Não é mais suficiente, agora que a caixa preta da visão foi aberta, para uma 'explicação evolucionária' desse poder de invocar apenas as estruturas anatômicas de olhos inteiros, como Darwin fez no século 19 e como a maioria dos divulgadores da evolução continuam Para fazer hoje. A anatomia é simplesmente irrelevante. O registro fóssil também. Não importa se o registro fóssil é ou não consistente com a teoria da evolução, mais do que importava na física que a teoria de Newton fosse consistente com a experiência cotidiana. O registro fóssil não tem nada a nos dizer sobre, digamos, se ou como as interações de 11-cis-retinal com rodopsina, transducina e fosfodiesterase poderiam ter se desenvolvido passo a passo. Nem os padrões da biogeografia, ou da genética populacional, ou as explicações que a teoria da evolução deu para órgãos rudimentares ou abundância de espécies.
Para uma compreensão completa dos processos biológicos que definem o desenvolvimento intrincado da arquitetura do corpo com impressionante precisão, a orquestração do desenvolvimento do organismo, forma celular e tecidual, organização e forma corporal, é necessário compreender o máximo possível de elementos integrativos dos sistemas biológicos . A formação de padrões complexos envolve numerosos mecanismos biomoleculares altamente intrincados que levam à formação de estruturas de tecido. Isso inclui o fornecimento de informações que fornecem pistas mecânicas que direcionam as mudanças e movimentos da forma intra e extracelular no nível das células individuais, mas também do substrato do tecido como um todo. Responder às perguntas sobre como células, tecidos e organismos se desenvolvem e se formam com maestria, precede a pergunta SE as afirmações evolucionárias são respostas convincentes, explicando SE as mudanças evolutivas permitem uma zona de transição macro-evolutiva primária puramente cega, morfogênese de um organismo inteiro movendo-se e transformando-se em um espécie para outra em um nível de especiação de primeiro grau, onde surgem novos membros, como asas, olhos, orelhas, pernas, braços e assim por diante. O fato e a verdade são que a ciência ainda está longe de ter uma resposta completa para essa pergunta. Mas o que sabemos permite tirar conclusões importantes.
Os seguintes mecanismos estão envolvidos no desenvolvimento e crescimento do organismo:
1. A rede de regulação gênica orquestra a expressão gênica
2. Várias vias de sinalização geram tipos e padrões celulares
3. Pelo menos 29 códigos epigenéticos são multidimensionais e realizam várias tarefas essenciais para a estrutura e desenvolvimento celular
4. Comunicação célula-célula em várias formas, especialmente importante para o desenvolvimento animal
5. A dança da cromatina no núcleo por meio de motores extensíveis afeta a transcrição e a regulação gênica
6. Modificações pós-transcricionais (PTMs) de histonas afetam a transcrição do gene
7. O código de metilação do DNA é como um código de barras ou marcador, o grupo metil indica, por exemplo, quais genes no DNA devem ser ativados.
8. A expressão dos genes homeobox e Hox é necessária para a diferenciação regional ou local correta dentro de um plano corporal
9. O DNA não codificador (DNA lixo) é transcrito em moléculas de RNA não codificantes funcionais e liga ou desliga os genes codificadores de proteínas.
10. Transposons e retrotransposons regulam genes
11. Centrossomas desempenham um papel central no desenvolvimento
12. O arranjo preciso do citoesqueleto fornece informações estruturais críticas.
13. Os alvos da membrana fornecem informações cruciais - coordenadas espaciais - para o desenvolvimento embriológico.
14. Canais de íons e campos eletromagnéticos influenciam a forma de um organismo em desenvolvimento
15. O "Sugar Code" forma estruturas ricas em informações que influenciam o arranjo de diferentes tipos de células durante o desenvolvimento embriológico.
16. Genes de polaridade do ovo codificam macromoléculas depositadas no ovo para organizar os eixos
17. Os hormônios são mensageiros químicos especiais para o desenvolvimento
18. Fatores de crescimento de morfógenos secretados direcionam as decisões sobre o destino das células durante o desenvolvimento embrionário.
19. Um código de adesão garante a formação de padrão robusto durante a morfogênese do tecido
O tipo de célula e os padrões encontrados no reino animal são gerados pelas seguintes vias de sinalização:
- Ouriço (Hh)
- Relacionado ao Wingless (Wnt)
- Transformando o fator de crescimento-β (TGF-β)
- Receptor tirosina quinase (RTK)
- Janus quinase (JAK) / transdutor de sinal
- Ativadores de proteína quinases de transcrição (STAT)
- Vias do hormônio nuclear
- Proteínas morfogenéticas ósseas (BMP)
- Receptores do fator de crescimento epidérmico (EGFR)
- Fatores de crescimento de fibroblastos (FGF)
- metilação de DNA
- Modificação de histonas e incorporação de variantes de histonas
- Remodelação da cromatina em células eucarióticas
- Regulação epigenética mediada por RNA não codificante
Os códigos geneticos e epigenéticos:
1. Os mais de 30 códigos genéticos diferentes
2. O código de adesão
3. O código de Apoptose
4. O código bioelétrico
5. O código do Biophoton
6. O código do Cálcio
7. O código coativador / corepressor / epigenético
8. O código de metilação do DNA
9. O código de especificidade de substrato de domínio das sintetases de peptídeos não-ribossômicos (NRPS)
10. O código Regulador Genomic
11. O código Glycomic
12. O código Histone
13. O código HOX
14. O código Metabólico
15. O código de taxa de pico neuronal
16. O código não ribossomal
17. O código do Nucleossomo
18. O código de Fosforilação
19. O código de modificação pós-tradução para fatores de transcrição
20. O código de RNA
21. Os códigos de emenda
22. Os códigos de transdução de sinal
23. Os códigos de integração de sinais
24. O código do Açúcar
25. O código adesivo sináptico
26. O código do fator de transcrição
27. O código cis-regulatório transcricional
28. O código da Tubulina
29. O código da Ubiquitina
Explicar a origem da forma de organismos multicellulares depende de explicar como os órgãos, tecidos e células se formam e ganham forma. No nível mais baixo da hierarquia, a formação de células em um organismo multicelular depende da especificação de:
1. Morfogênese de várias células, estruturas e formas eucarióticas
2. Determinação e diferenciação do destino celular (fenótipo ou que tipo de célula cada uma se tornará)
3. Crescimento e tamanho das células
4. Desenvolvimento e contagem da divisão celular: as células precisam ser programadas para parar de se auto-replicar após o número certo de divisões celulares
5. Mecanismos de formação de padrão
6. Genes Hox
7. Posicionamento no corpo. Isso é crucial. Membros como pernas, nadadeiras, olhos, etc. devem ser colocados no lugar certo.
8. Qual comunicação é necessária para se comunicar com outras células e a configuração dos canais de comunicação
9. Quais funções sensoriais e de estímulo específicas são necessárias e as células devem adquirir em relação ao seu ambiente e arredores?
10. Quais novas funções regulatórias específicas as células precisam adquirir
11. Quando o programa de desenvolvimento do organismo expressará os genes para fazer crescer as novas células durante o desenvolvimento?
12. Alterar a regulação na composição da membrana celular e / ou produtos secretados.
13. Especificação das proteínas de adesão célula-célula e quais serão utilizadas em cada célula para aderir às células vizinhas (são 4 classes)
14. Apoptose: programação do período de tempo em que a célula se mantém viva no corpo e quando é hora de se autodestruir e ser substituída por células recém-produzidas do mesmo tipo
15. Configure as demandas nutricionais específicas de cada célula
16. Mudanças na forma da célula
17. Proliferação celular, que é o processo que resulta no aumento do número de células e é definido pelo equilíbrio entre as divisões celulares e a perda celular por meio da morte ou diferenciação celular.
A biodiversidade e a complexa arquitetura do organismo são explicadas por trilhões de bits. Quantidades incríveis de dados muito além da nossa imaginação. Instruções, especificações codificadas complexas, INFORMAÇÕES. Algoritmos magistralmente codificados em várias linguagens epigenéticas genéticas sofisticadas e canais e redes de comunicação. Os neurotransmissores, por meio de nanotubos entre as células, comunicam-se por meio de vesículas e, surpreendentemente, até de fótons de luz. Genes, mas também e especialmente vários códigos de sinalização epigenéticos e bioelétricos através de várias redes de sinalização fornecem direção para moléculas e complexos de macromoléculas, e redes de andaimes engenhosas interpretam e reagem de uma variedade de maneiras após a decodificação e processamento de dados dessas instruções. Uma vez que as vias de sinalização funcionam de uma forma extraordinariamente precisa, de forma integrada sinergética com a rede reguladora da transcrição e interferência complexa de curto e longo alcance entre as células, essas instruções cruciais para formas de vida avançadas, não poderiam ser o resultado de um aumento gradual da informação. Essas redes de informação só operam e funcionam de forma integrada, e tiveram que "nascer" totalmente configuradas desde o início. Os códigos de transmissão, um sistema de regras para converter informações, como letras e palavras, em outra forma, e códigos/cifras de tradução de um idioma para outro são sempre originados de uma mente inteligente. O que vemos em bioquímica são informações instrucionais codificadas incrivelmente complexas sendo armazenadas por meio do código genético (códons) em uma molécula de armazenamento de informações (DNA), codificada (DNA polimerase), enviada (mRNA) e decodificada (ribossomo), também como códigos epigenéticos e linguagens, e várias vias de sinalização. A morfogênese da estrutura e forma do organismo é classificada em dois grupos: Os vários códigos e linguagens instrucionais usando moléculas que fornecem pistas instrucionais complexas de ação com base na informação por meio de sinalização e, em segundo lugar, por moléculas geradoras de força que são precisamente direcionadas por meio desses sinais, que são responsável pela fantástica morfogênese celular. Projetos, informações instrucionais e planos diretores, que permitem a impressionante auto-organização autônoma e o controle de máquinas complexas (máquinas moleculares) e parques fabris requintados (células) sobre estes são sempre rastreados de volta a uma fonte inteligente que fez ambos com propósito, objetivos específicos. Isso nos leva inequivocamente ao design inteligente. Para a origem por um designer inteligente.
Quais são os mecanismos REAIS da biodiversidade, substituindo a macroevolução?
https://www.youtube.com/watch?v=_IGrzrk6iBEre=youtu.be
Por que a teoria da evolução de Darwin não explica a biodiversidade
https://reasonandscience.catsboard.com/t2623-why-darwins-theory-of-evolution-does-not-explain-biodiversity
1. As ciências biológicas descobriram nas últimas décadas que as principais inovações morfológicas, o desenvolvimento e a forma do corpo são baseados em mudanças geneticas, mas dezenas de mecanismos diferentes, mas integrativos, a interação dos genes com a rede reguladora de genes, Trans e Retrotransposons, o chamado DNA lixo, splicing e recombinação de genes e quase trinta sistemas de códigos informativos epigenéticos, alguns, como o código de glicano (açúcar), muito mais complexos do que o código genético, na membrana - lado externo das células, modificações pós-transcricionais ( PTMs) de histonas, hormônios, canais iônicos e campos eletromagnéticos que não são especificados por DNA nuclear, alvos e padrões de membrana, arranjos citoesqueléticos, centrossomos e herança por memória celular que não é definida apenas por sequências de DNA.
2. Esses mecanismos variados orquestram a expressão gênica, geram tipos e padrões celulares, realizam várias tarefas essenciais para a estrutura e desenvolvimento celular, são responsáveis por tarefas importantes do desenvolvimento do organismo, afetam a transcrição gênica, ativam ou desativam genes codificadores de proteínas, determinam a forma do corpo, regulam genes, fornecem informações estruturais críticas e coordenadas espaciais para o desenvolvimento embriológico, influenciam a forma de um organismo em desenvolvimento e o arranjo de diferentes tipos de células durante o desenvolvimento embriológico, organizam os eixos e agem como mensageiros químicos para o desenvolvimento
3. O Neo-Darwinismo e a Síntese Moderna propuseram tradicionalmente uma visão centrada nos genes, uma proposta metabiológica científica que remonta ao "Sobre a origem das espécies" de Darwin, onde primeiro a seleção natural foi proposta como mecanismo da biodiversidade e, posteriormente, a variação genetica que define como os corpos são construídos e organizados. Nem mesmo as alternativas propostas recentemente, como a terceira via, a teoria neutra, a teoria da aptidão inclusiva, o saltacionismo, a ontogenia saltatória, o mutacionismo, a deriva genética ou as teorias combinadas, fazem justiça ao levar em consideração toda a hierarquia fisiológica organizacional e complexidade que a ciência empírica adquiriu descobrir.
4. Apenas uma visão holística, nomeada estruturalismo e a biologia de sistemas, leva em consideração todas as influências que formam a forma e o tamanho das células, o desenvolvimento e o crescimento do corpo, fornecendo descrições adequadas das evidências científicas. O colaborador BIG (guarda-chuva) para explicar a complexidade do organismo é a INFORMAÇÃO complexa instrucional pré-programada codificada em várias línguas e comunicação por meio de sinalização por meio de várias redes de sinalização que atuam em um nível estrutural, que são pré-instruídas ( pre-programadas ) para responder às demandas ambientais, de desenvolvimento e nutrição , e são capazes de se comunicar, sinalizar, regular, governar, controlar, recrutar, interpretar, reconhecer, orquestrar, elaborar estratégias, orientar e assim por diante. Todos os códigos, projetos e linguagens são invenções de inteligência. Portanto, os códigos genéticos e epigenéticos e as redes de sinalização e as instruções para construir células e organismos biológicos complexos foram com maior probabilidade criados por um agênte inteligente.
Células e organismos biológicos são caracterizados por complexidade irredutível e interdependência hierárquica de sistemas de cima para baixo, que é entendida como complexidade de sistemas funcionais irredutíveis. E isso é especificado por códigos e sinais genéticos e epigenéticos informativos usados para configurar e criar projetos instrucionais avançados, que direcionam como os corpos são construídos, mas também como a vida pode se autocorrige, se adapta ao ambiente e evolui. É perfeitamente comparável a como um projeto instrui a fazer máquinas, fábricas e indústrias. Essas coisas vêm, sem dúvida, de uma inteligência preexistente.
Para entender as principais tendências na diversidade animal e se os vários tipos de morfologia são devidos à evolução, devemos primeiro entender como a forma animal é gerada. À medida que a ciência se desvendou, a formação da forma, do fenótipo e da arquitetura do organismo deve-se a vários mecanismos genéticos e, principalmente, epigenéticos interligados e interligados. A síntese evolutiva ampliada e moderna não leva em consideração todos os fatores relevantes. O estruturalismo propõe que a estrutura complexa emerge holisticamente da interação dinâmica de todas as partes de um organismo. Ele nega que a complexidade biológica pode ser reduzida à seleção natural, deriva gênica e fluxo gênico, e argumenta que a formação de padrões é impulsionada principalmente por processos multi-níveis que envolvem várias unidades funcionais, trabalhando de forma interdependente, pré-programadas para responder a questões ecológicas e ambientais e condições, disponibilidade de recursos alimentares e programas de desenvolvimento. Vários códigos genéticos e epigenéticos, uma compreensão integrada dos aspectos estruturais e funcionais da epigenética e várias vias de sinalização, arquitetura nuclear durante a diferenciação, organização da cromatina, campos morfogenéticos, entre muitos outros mecanismos.
1. The Gene regulation network orchestrates gene expression
EVOLUTIONARY BIOSCIENCE AS REGULATORY SYSTEMS BIOLOGY
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3135751/
2. Various signalling pathways generate Cell types and patterns
- Hedgehog (Hh)
Erica Yao, Pao Tien Chuang, Hedgehog signalling: From basic research to clinical applications
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0929664615000340
- Wingless related (Wnt)
Katrin E. Wiese, Roel Nusse, Renée van Amerongen, Wnt signalling: conquering complexity
http://dev.biologists.org/content/145/12/dev165902
- Transforming growth factor-β (TGF-β)
D A Clark, R Coker Transforming growth factor-beta (TGF-beta)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9611771
- Receptor tyrosine kinase (RTK)
Receptor Tyrosine Kinase (RTK) Signaling Transduction
https://www.sinobiological.com/receptor-tyrosine-kinase-rtk-signaling-transduction.html
- Notch
Emma R. Andersson, Rickard Sandberg, Urban Lendahl Notch signalling: simplicity in design, versatility in function
http://dev.biologists.org/content/138/17/3593
- Janus kinase (JAK)/signal transducer
David W. Dodington Harsh R. Desai Minna Woo JAK/STAT – Emerging Players in Metabolism
https://www.cell.com/trends/endocrinology-metabolism/pdf/S1043-2760(17)30150-9.pdf
- Activators of transcription (STAT) protein kinases
Robert A Ortmann,1 Tammy Cheng,1 Roberta Visconti,1 David M Frucht ,1 and John J O'Shea1 Janus kinases and signal transducers and activators of transcription: their roles in cytokine signaling, development and immunoregulation
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC129988/
- Nuclear hormone pathways
Maria Sirakov, Amina Boussouar, Elsa Kress, Carla Frau, Imtiaz Nisar Lone, Julien Nadjar, Dimitar Angelov, Michelina Plateroti The thyroid hormone nuclear receptor TRα1 controls the Notch signaling pathway and cell fate in murine intestine
http://dev.biologists.org/content/142/16/2764
- Bone morphogenetic proteins (BMP)
Richard N Wang 1, Jordan Green 1, Zhongliang Wang Bone Morphogenetic Protein (BMP) signaling in development and human diseases
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25401122
- Epidermal growth factor receptors (EGFR)
https://www.sciencedirect.com/topics/medicine-and-dentistry/epidermal-growth-factor-receptor
- Fibroblast growth factors (FGF)
Nobuyuki Itoh, David M. Ornitz Fibroblast growth factors: from molecular evolution to roles in development, metabolism and disease
https://academic.oup.com/jb/article/149/2/121/837258
- DNA methylation
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23877618
- Histone modification and incorporation of histone variants
https://www.researchgate.net/publication/270654681_Histone_Variants_and_Epigenetics
- Chromatin remodelling in Eukaryotic Cells
https://www.news-medical.net/life-sciences/Chromatin-Remodeling-Mechanisms-and-Importance.aspx
- Non-coding RNA-mediated epigenetic regulation
3. Epigenetic Codes perform various tasks essential to cell structure and development
1. The Over 30 different genetic Codes
2. The Adhesion code
3. The Apoptosis Code
4. The Bioelectric code
5. The Biophoton code
6. The Calcium Code
7. The Coactivator/corepressor/epigenetic code
8. The DNA methylation Code
9. The Domain substrate specificity code of Nonribosomal peptide synthetases (NRPS)
10. The Genomic regulatory Code
11. The Glycomic Code
12. The Histone Code
13. The HOX Code
14. The Metabolic Code
15. The Neuronal spike-rate Code
16. The Non-ribosomal code
17. The Nucleosome Code
18. The Phosphorylation code
19. The Post-translational modification code for transcription factors
20. The RNA code
21. The Splicing Codes
22. The Signal Transduction Codes
23. The Signal Integration Codes
24. The Sugar Code
25. The Synaptic Adhesive Code
26. The Transcription factor code
27. The Transcriptional cis-regulatory code
28. The Tubulin Code
29. The Ubiquitin Code
4. Cell-Cell communication in various forms, especially important for animal development
Genes involved in Cell-Cell communication and transcriptional control are especially important for animal development
Molecular Biology of the Cell, 5th Ed, 2008: page 1308
5. Chromatin dance in the nucleus through extensile motors affect transcription and gene regulation
Transcription and gene regulation Genome topology has emerged as a key player in all genome functions.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5837811/
6. Post-transcriptional modifications (PTMs) of histones affect gene transcription
Post-translational modifications (PTMs) of histones provide a fine-tuned mechanism for regulating chromatin structure and dynamics.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4099259/
7. The DNA methylation code is like a barcode or marker, the methyl group indicates, for instance, which genes in the DNA are to be turned on.
DNA methylation has several uses in the vertebrate cell. A very important role is to work in conjunction with other gene expression control mechanisms to establish a particularly efficient form of gene repression.
Molecular Biology of the Cell, 5th Ed, 2008: Cell, page 467
8. Homeobox and Hox genes determine the shape of the body
https://www.jstor.org/stable/pdf/24996862.pdf?seq=1#page_scan_tab_contents
9. Noncoding DNA ( Junk DNA ) is transcribed into functional non-coding RNA molecules and switches protein-coding genes on or off.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4394429/
10. Transposons and Retrotransposons regulate genes
http://dev.biologists.org/content/143/22/4101
11. Centrosomes play a central role in development
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2734160/
12. The precise arrangement of Cytoskeletal arrays provides critical structural information.
The three major cytoskeletal filaments are responsible for different aspects of the cell’s spatial organization and mechanical properties.
Molecular Biology of the Cell By Bruce Alberts 6th. ed. page 889
13. Membrane targets provide crucial information—spatial coordinates—for embryological development.
Preexisting membrane targets, already positioned on the inside surface of the egg cell, determine where these molecules will attach and how they will function. These membrane targets provide crucial information—spatial coordinates—for embryological development.
14. Ion Channels and Electromagnetic Fields influence the form of a developing organism
https://pure.tue.nl/ws/files/10243383/20151217_CO_Vanegas.pdf
15. The Sugar Code forms information-rich structures which influence the arrangement of different cell types during embryological development.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15174156
16. Egg-polarity genes encode macromolecules deposited in the egg to organize the axes
http://jonlieffmd.com/blog/alternative-rna-splicing-in-evolution
17. Hormones are special chemical messengers for development
https://en.wikibooks.org/wiki/Human_Physiology/The_endocrine_system
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