A origem da dupla hélice DNA
Tamanho da molécula de DNA
DNA, como proteínas, é uma linha fina longa na sua estrutura primária. Uma molécula de DNA pode ser centenas de vezes mais longa do que o diâmetro da célula, da qual faz parte. Isto exige que seja dobrado e enrolado ou torcido em torno de si mesmo de modo que possa caber na célula. Uma planta ou animal multicelular terá mais DNA por célula, uma vez que é necessária mais informação codificada. Na célula humana, o DNA é dividido em 46 cromossomas. O comprimento total de todo esse DNA em uma célula é de cerca de 2,00 mts! 4 Estima-se que o conteúdo total de DNA em seu corpo abrange a distância do sistema solar! 5
Identificando as condições que conduzem à síntese de ácidos nucleicos robusto tem sido muito mais difícil. 1 Em primeiro lugar, existem vários componentes quimicamente distintos que são necessários: as bases nucleotídicas, as porções de açúcar, e o esqueleto de fosfato. Embora adenina é sintetizado de forma eficiente a partir de misturas de cianeto de hidrogénio e amoníaco, as outras bases (G, C e U) são muito menos prontamente sintetizados. Pré-biótico síntese do anel de açúcar, ribose, apresenta um desafio significativo química, tal como formação da ligação glicosídica entre as bases e os açúcares.
Evidências da bioquímica não fornecem muitas pistas para explicar a evolução da pirimidina e síntese de purinas. 2
a origem das seguintes partes deve ser explicado:
Os nucleótidos:
adenina (A) - uma purina
citosina (C) - uma pirimidina
guanina (G) - um purina
timina (T), - uma pirimidina
- A formação da estrutura de semelhante a uma escada, a dupla hélice espiral
- Por que as fitas individuais estão correndo em direções opostas
- A espinha dorsal composta de (desoxi-ribose) molecular de açúcar
- Os grupos de fosfato que liga o deoxi-ribose. (Também chamado de 3'-5 'fosfodiéster)
- A montagem e a síntese da primeira estrutura
Estrutura do DNA - Ajuste fino e otimização
Sequências altamente repetitivas de nucleótidios não têm a estabilidade e mutam rapidamente. No entanto, um estudo envolvendo o genoma de organismos diferentes na Universidade da Califórnia, sugere que a utilização de codons nos genes é realmente destinado a evitar o tipo de repetição que leva a sequências instáveis! Outras pesquisas indicam que o uso de códons em genes também maximiza a precisão da síntese de proteínas no ribossomo.
Além disso, os componentes que compreendem os nucleotídios também parecem ter sido cuidadosamente escolhidos tendo em conta uma performance melhorada. Os nucleótidos que formam os cordões da estrutura de DNA são moléculas complexas que consistem de uma porção tanto de fosfato quanto de uma nucleobase (adenina, guanina, citosina ou timina) juntando-se a um açúcar de cinco carbonos (desoxirribose). No RNA, a ribose de açúcar de cinco carbonos substitui desoxirribose.
O grupo fosfato liga um nucleotídio a desoxirribose do outro para formar a espinha dorsal da cadeia de DNA. As nucleobases formam os " degraus da escada ", quando as duas vertentes alinham e torcem para formar a estrutura de dupla hélice clássica.
Sequências deliberadas
Uma relação um para um não pode existir entre os quatro nucleotídeos do DNA e os vinte aminoácidos utilizados para montar polipéptidos. Para ultrapassar esta incompatibilidade, a célula usa grupos de três nucleótidos (codons) para especificar vinte aminoácidos diferentes. Cada tripleto de nucleótidos, ou códon, especifica um aminoácido. Há sessenta e quatro códons possíveis que podem ser utilizados para especificar os vinte aminoácidos. Por causa do excesso , no entanto, mais do que um códon pode corresponder ao mesmo aminoácido. Na verdade, até seis códons diferentes especificam alguns amino ácidos-outros são atribuídos a apenas um. Por causa que alguns códons são redundantes, a sequência de aminoácidos para uma dada cadeia polipeptídica pode ser especificada por várias sequências de nucleótidos diferentes. Estudos recentes indicam que a célula não faz uso de códons aleatoriamente redundantes para especificar um aminoácido particular numa cadeia polipeptídica. Em vez disso, parece haver uma lógica por trás de utilização de códons nos genes. Os bioquímicos já sabem há algum tempo que sequências de nucleotídeos altamente repetitivos são instáveis e facilmente sofrem mutações. O tipo mais comum de mutação de sequências repetitivas é a inserção e / ou deleção de um ou mais nucleotídeos. Estas mutações são devastadoras. Eles quase sempre resultam na produção de cadeias polipeptídicas altamente defeituosos. Uma pesquisa com os genomas de diversos organismos por pesquisadores da Universidade da Califórnia, em San Diego, indica que a utilização de códons nos genes é projetado para evitar o tipo de repetição que leva a sequencias instáveis. Outros estudos indicam igualmente que a utilização de códons em genes também são configurados para maximizar a precisão da síntese das proteínas no ribossomo.
Os cientistas sabem há muito tempo que uma miríade de açúcares e inúmeras outras nucleobases poderiam ter concebivelmente ter se tornado o meio de armazenamento de informação da célula (DNA). Mas por que as subunidades de nucleotídeos do DNA e RNA consistem em estes componentes particulares? Os fosfatos podem formar ligações com os dois açúcares simultaneamente (chamadas ligações fosfodiéster) a ponte dois nucleótidos, mantendo uma carga negativa. Isto faz com que este grupo químico é perfeitamente adequado para formar uma espinha dorsal estável para a molécula de DNA. Outros compostos podem formar ligações entre dois açúcares, mas não são capazes de reter uma carga negativa. A carga negativa no grupo fosfato confere a espinha dorsal do DNA a estabilidade, dando-lhe assim uma proteção de clivagem por moléculas de água reativos. Além disso, a natureza intrínseca das ligações fosfodiéster também está bem afinada. Por exemplo, a ligação que une a fosfodiéster de açúcar da ribose de RNA poderia envolver a 5 'OH de uma molécula de ribose, tanto com o 2' OH ou 3 'OH da molécula de ribose adjacente. RNA faz uso de 5 'para 3' de ligação exclusivamente. Como se constata, as ligações 5 'para 3' conferem muito mais estabilidade à molécula de RNA que uma conexão por exemplo de 5 'a 2'.
Estudos recentes indicam que, como as proteínas, as características estruturais do DNA também são excepcionais. DNA consiste em duas moléculas semelhantes a uma cadeia (oligonucleotídios) que torçem em torno de si para formar dupla hélice do DNA . A maquinaria da célula forma cadeias polinucleotídicas juntando e ligando quatro moléculas de subunidades diferentes chamadas nucleotídeos. Os nucleotídeos utilizados para construir as cadeias de DNA são adenosina (A), guanosina (G), citidina (C), e timidina (T). DNA abriga a informação necessária para fazer todos os polipeptídeos usados pela célula. A sequência de nucleótidos em cadeias de DNA especifica a sequência de aminoácidos de cadeias polipeptídicas. Os cientistas referem-se a esta sequência de nucleotídeos como um gene.
Componentes escolhidos a dedo 3
A sequência de nucleótidos não é a única característica que evidencia otimização do DNA. Os componentes que compõem os nucleotídios também parecem ter sido cuidadosamente escolhidos para um desempenho insuperável.
Por qué deoxyribose e ribose servem como constituintes do esqueleto do RNA e DNA respectivamente ? Ambos são açúcares de cinco carbonos que formam anéis de cinco membros. É possível fazer os análogos de DNA utilizando uma ampla gama de diferentes açúcares que contêm quatro, cinco e seis átomos de carbono que podem formar cinco e anéis de seis membros. Mas estas variantes possuem propriedades indesejáveis de DNA, em comparação com DNA e RNA. Por exemplo, alguns análogos de DNA não formam hélices duplas. Outros formam, mas as cadeias de nucleotídeos querem interagir com muita ou pouca força, ou eles exibem seletividade inadequada em suas associações. Além disso, análogos de DNA feitos a partir de açúcares que formam anéis de 6 membros adotam muitas conformações estruturais inadequadas. Neste caso, torna-se extremamente difícil para a maquinaria da célula executar adequadamente a replicação do DNA e a transcrição. Outros estudos mostram que desoxirribose fornece exclusivamente o espaço necessário na região da espinha dorsal da hélice dupla do DNA para acomodar as grandes nucleobases. Nenhum outro açúcar cumpre este requisito.
Ribose é o único componente de açúcar de ácidos nucleicos. A escolha se explicou utilizando modelos moleculares e, eliminando a maior parte dos outros açúcares comuns olhando para a sua estrutura química e prevendo como eles se encaixariam num modelo de ácido nucleico. As comparações das conformações e configurações de ribose pentoses indicam que o uso de ribose não é aleatorio, mas a única escolha possível, desde γ-D-ribose melhor se adapta à estrutura de formas fisiológicas de ácidos nucleicos. Em outros nucleótidos contendo arabinose, xilose, ou lixose ou, o C 2'-OH e / ou a C3'-OH estão acima do anel furanose, causando interferência estérica com a base e o volumoso grupo C 5'-OH.
Por algum tempo, os bioquímicos já sabem por que desoxirribose foi selecionada para uso em DNA, e ribose para RNA. O principal papel do DNA é o armazenamento de informações. É por isso que o DNA tem de ser uma molécula estável. Incorporação de ribose no DNA faria esta molécula inerentemente instável. A 2'OH de ribose pode catalisar a clivagem da estrutura açúcar-fosfato do DNA. A hidrólise de RNA é uma reação na qual uma ligação de fosfodiéster no esqueleto açúcar-fosfato de RNA é quebrada, a clivagem da molécula de RNA. O RNA é susceptível a esta hidrólise catalisada por base, porque o açúcar ribose no RNA tem um grupo hidroxilo na posição 2'. Esta característica faz com que o RNA seja quimicamente instável em relação a DNA, que não tem esse grupo 2' OH e, assim, não é suscetível a hidrólise catalisada pelas bases. Esta não é uma preocupação, no entanto, para deoxyribose porque lhe falta o grupo 'OH 2. No entanto, a ribose é bem adequada para o RNA, onde um certo grau de instabilidade é preferível. Uma das funções do RNA é para mediar a transferência de informação a partir das sequências de nucleotídios de DNA para as sequências de aminoácidos das proteínas. A célula de máquinas de cópias de mRNA a partir de DNA quando a célula necessita da proteína codificada por um gene particular alojada no DNA. Uma vez produzido, mRNAs continuam a dirigir a produção de proteínas no ribossomo até maquinaria da célula quebrar as moléculas de mRNA . Felizmente, moléculas de mRNA podem permanecer intactas apenas por um breve período de tempo, em parte por causa da quebra da espinha dorsal ( esqueleto ) de açúcar-fosfato mediada pelo grupo 2"OH . O curto tempo de vida de mRNAs serve bem a célula. Se mRNAs fossem persistir indevidamente , estas moléculas iriam dirigir a produção de proteínas no ribossoma para além do ponto necessário para a célula. Como desoxirribose e ribose, as nucleobases (adenina, guanina, citosina, timina e / uracilo) encontradas no DNA e RNA parecem ser as melhores escolhas possíveis. Por exemplo, uma pesquisa recente demonstra que estes nucleobases particulares exibem propriedades fotofísicas ideais. Radiação UV emitida pelo sol provoca danos no DNA e RNA. Os efeitos destrutivos destes comprimentos de onda eletromagnética se originam em grande parte a partir da absorção desta radiação pelos nucleobases.
Apesar que DNA e RNA rotineiramente sofrem danos fotofísicas, poderia ser muito pior. Verifica-se que as propriedades óticas das bases encontradas na natureza minimizam dano induzido por UV.18 Essas nucleobases absorvem a radiação UV maximalmente em comprimentos de onda, os mesmos que são mais eficazmente protegidos pelo ozono. Além disso, as estruturas químicas das nucleobases de DNA e RNA causam a radiação UV de ser eficientemente irradiada para fora depois de ter sido absorvida, o que limita a possibilidade de danos.
1) Biologia Molecular: Princípios de Genoma página Função 61
2) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4390864/
3) Cell's design, Fazale Rana
4) Philip Handler, ed., Biology and the Future of Man (New York: Oxford University Press, 1970), p. 134.
5) Kendrew, The Thread of Life, p. 63.
Tamanho da molécula de DNA
DNA, como proteínas, é uma linha fina longa na sua estrutura primária. Uma molécula de DNA pode ser centenas de vezes mais longa do que o diâmetro da célula, da qual faz parte. Isto exige que seja dobrado e enrolado ou torcido em torno de si mesmo de modo que possa caber na célula. Uma planta ou animal multicelular terá mais DNA por célula, uma vez que é necessária mais informação codificada. Na célula humana, o DNA é dividido em 46 cromossomas. O comprimento total de todo esse DNA em uma célula é de cerca de 2,00 mts! 4 Estima-se que o conteúdo total de DNA em seu corpo abrange a distância do sistema solar! 5
Identificando as condições que conduzem à síntese de ácidos nucleicos robusto tem sido muito mais difícil. 1 Em primeiro lugar, existem vários componentes quimicamente distintos que são necessários: as bases nucleotídicas, as porções de açúcar, e o esqueleto de fosfato. Embora adenina é sintetizado de forma eficiente a partir de misturas de cianeto de hidrogénio e amoníaco, as outras bases (G, C e U) são muito menos prontamente sintetizados. Pré-biótico síntese do anel de açúcar, ribose, apresenta um desafio significativo química, tal como formação da ligação glicosídica entre as bases e os açúcares.
Evidências da bioquímica não fornecem muitas pistas para explicar a evolução da pirimidina e síntese de purinas. 2
a origem das seguintes partes deve ser explicado:
Os nucleótidos:
adenina (A) - uma purina
citosina (C) - uma pirimidina
guanina (G) - um purina
timina (T), - uma pirimidina
- A formação da estrutura de semelhante a uma escada, a dupla hélice espiral
- Por que as fitas individuais estão correndo em direções opostas
- A espinha dorsal composta de (desoxi-ribose) molecular de açúcar
- Os grupos de fosfato que liga o deoxi-ribose. (Também chamado de 3'-5 'fosfodiéster)
- A montagem e a síntese da primeira estrutura
Estrutura do DNA - Ajuste fino e otimização
Sequências altamente repetitivas de nucleótidios não têm a estabilidade e mutam rapidamente. No entanto, um estudo envolvendo o genoma de organismos diferentes na Universidade da Califórnia, sugere que a utilização de codons nos genes é realmente destinado a evitar o tipo de repetição que leva a sequências instáveis! Outras pesquisas indicam que o uso de códons em genes também maximiza a precisão da síntese de proteínas no ribossomo.
Além disso, os componentes que compreendem os nucleotídios também parecem ter sido cuidadosamente escolhidos tendo em conta uma performance melhorada. Os nucleótidos que formam os cordões da estrutura de DNA são moléculas complexas que consistem de uma porção tanto de fosfato quanto de uma nucleobase (adenina, guanina, citosina ou timina) juntando-se a um açúcar de cinco carbonos (desoxirribose). No RNA, a ribose de açúcar de cinco carbonos substitui desoxirribose.
O grupo fosfato liga um nucleotídio a desoxirribose do outro para formar a espinha dorsal da cadeia de DNA. As nucleobases formam os " degraus da escada ", quando as duas vertentes alinham e torcem para formar a estrutura de dupla hélice clássica.
Sequências deliberadas
Uma relação um para um não pode existir entre os quatro nucleotídeos do DNA e os vinte aminoácidos utilizados para montar polipéptidos. Para ultrapassar esta incompatibilidade, a célula usa grupos de três nucleótidos (codons) para especificar vinte aminoácidos diferentes. Cada tripleto de nucleótidos, ou códon, especifica um aminoácido. Há sessenta e quatro códons possíveis que podem ser utilizados para especificar os vinte aminoácidos. Por causa do excesso , no entanto, mais do que um códon pode corresponder ao mesmo aminoácido. Na verdade, até seis códons diferentes especificam alguns amino ácidos-outros são atribuídos a apenas um. Por causa que alguns códons são redundantes, a sequência de aminoácidos para uma dada cadeia polipeptídica pode ser especificada por várias sequências de nucleótidos diferentes. Estudos recentes indicam que a célula não faz uso de códons aleatoriamente redundantes para especificar um aminoácido particular numa cadeia polipeptídica. Em vez disso, parece haver uma lógica por trás de utilização de códons nos genes. Os bioquímicos já sabem há algum tempo que sequências de nucleotídeos altamente repetitivos são instáveis e facilmente sofrem mutações. O tipo mais comum de mutação de sequências repetitivas é a inserção e / ou deleção de um ou mais nucleotídeos. Estas mutações são devastadoras. Eles quase sempre resultam na produção de cadeias polipeptídicas altamente defeituosos. Uma pesquisa com os genomas de diversos organismos por pesquisadores da Universidade da Califórnia, em San Diego, indica que a utilização de códons nos genes é projetado para evitar o tipo de repetição que leva a sequencias instáveis. Outros estudos indicam igualmente que a utilização de códons em genes também são configurados para maximizar a precisão da síntese das proteínas no ribossomo.
Os cientistas sabem há muito tempo que uma miríade de açúcares e inúmeras outras nucleobases poderiam ter concebivelmente ter se tornado o meio de armazenamento de informação da célula (DNA). Mas por que as subunidades de nucleotídeos do DNA e RNA consistem em estes componentes particulares? Os fosfatos podem formar ligações com os dois açúcares simultaneamente (chamadas ligações fosfodiéster) a ponte dois nucleótidos, mantendo uma carga negativa. Isto faz com que este grupo químico é perfeitamente adequado para formar uma espinha dorsal estável para a molécula de DNA. Outros compostos podem formar ligações entre dois açúcares, mas não são capazes de reter uma carga negativa. A carga negativa no grupo fosfato confere a espinha dorsal do DNA a estabilidade, dando-lhe assim uma proteção de clivagem por moléculas de água reativos. Além disso, a natureza intrínseca das ligações fosfodiéster também está bem afinada. Por exemplo, a ligação que une a fosfodiéster de açúcar da ribose de RNA poderia envolver a 5 'OH de uma molécula de ribose, tanto com o 2' OH ou 3 'OH da molécula de ribose adjacente. RNA faz uso de 5 'para 3' de ligação exclusivamente. Como se constata, as ligações 5 'para 3' conferem muito mais estabilidade à molécula de RNA que uma conexão por exemplo de 5 'a 2'.
Estudos recentes indicam que, como as proteínas, as características estruturais do DNA também são excepcionais. DNA consiste em duas moléculas semelhantes a uma cadeia (oligonucleotídios) que torçem em torno de si para formar dupla hélice do DNA . A maquinaria da célula forma cadeias polinucleotídicas juntando e ligando quatro moléculas de subunidades diferentes chamadas nucleotídeos. Os nucleotídeos utilizados para construir as cadeias de DNA são adenosina (A), guanosina (G), citidina (C), e timidina (T). DNA abriga a informação necessária para fazer todos os polipeptídeos usados pela célula. A sequência de nucleótidos em cadeias de DNA especifica a sequência de aminoácidos de cadeias polipeptídicas. Os cientistas referem-se a esta sequência de nucleotídeos como um gene.
Componentes escolhidos a dedo 3
A sequência de nucleótidos não é a única característica que evidencia otimização do DNA. Os componentes que compõem os nucleotídios também parecem ter sido cuidadosamente escolhidos para um desempenho insuperável.
Por qué deoxyribose e ribose servem como constituintes do esqueleto do RNA e DNA respectivamente ? Ambos são açúcares de cinco carbonos que formam anéis de cinco membros. É possível fazer os análogos de DNA utilizando uma ampla gama de diferentes açúcares que contêm quatro, cinco e seis átomos de carbono que podem formar cinco e anéis de seis membros. Mas estas variantes possuem propriedades indesejáveis de DNA, em comparação com DNA e RNA. Por exemplo, alguns análogos de DNA não formam hélices duplas. Outros formam, mas as cadeias de nucleotídeos querem interagir com muita ou pouca força, ou eles exibem seletividade inadequada em suas associações. Além disso, análogos de DNA feitos a partir de açúcares que formam anéis de 6 membros adotam muitas conformações estruturais inadequadas. Neste caso, torna-se extremamente difícil para a maquinaria da célula executar adequadamente a replicação do DNA e a transcrição. Outros estudos mostram que desoxirribose fornece exclusivamente o espaço necessário na região da espinha dorsal da hélice dupla do DNA para acomodar as grandes nucleobases. Nenhum outro açúcar cumpre este requisito.
Ribose é o único componente de açúcar de ácidos nucleicos. A escolha se explicou utilizando modelos moleculares e, eliminando a maior parte dos outros açúcares comuns olhando para a sua estrutura química e prevendo como eles se encaixariam num modelo de ácido nucleico. As comparações das conformações e configurações de ribose pentoses indicam que o uso de ribose não é aleatorio, mas a única escolha possível, desde γ-D-ribose melhor se adapta à estrutura de formas fisiológicas de ácidos nucleicos. Em outros nucleótidos contendo arabinose, xilose, ou lixose ou, o C 2'-OH e / ou a C3'-OH estão acima do anel furanose, causando interferência estérica com a base e o volumoso grupo C 5'-OH.
Por algum tempo, os bioquímicos já sabem por que desoxirribose foi selecionada para uso em DNA, e ribose para RNA. O principal papel do DNA é o armazenamento de informações. É por isso que o DNA tem de ser uma molécula estável. Incorporação de ribose no DNA faria esta molécula inerentemente instável. A 2'OH de ribose pode catalisar a clivagem da estrutura açúcar-fosfato do DNA. A hidrólise de RNA é uma reação na qual uma ligação de fosfodiéster no esqueleto açúcar-fosfato de RNA é quebrada, a clivagem da molécula de RNA. O RNA é susceptível a esta hidrólise catalisada por base, porque o açúcar ribose no RNA tem um grupo hidroxilo na posição 2'. Esta característica faz com que o RNA seja quimicamente instável em relação a DNA, que não tem esse grupo 2' OH e, assim, não é suscetível a hidrólise catalisada pelas bases. Esta não é uma preocupação, no entanto, para deoxyribose porque lhe falta o grupo 'OH 2. No entanto, a ribose é bem adequada para o RNA, onde um certo grau de instabilidade é preferível. Uma das funções do RNA é para mediar a transferência de informação a partir das sequências de nucleotídios de DNA para as sequências de aminoácidos das proteínas. A célula de máquinas de cópias de mRNA a partir de DNA quando a célula necessita da proteína codificada por um gene particular alojada no DNA. Uma vez produzido, mRNAs continuam a dirigir a produção de proteínas no ribossomo até maquinaria da célula quebrar as moléculas de mRNA . Felizmente, moléculas de mRNA podem permanecer intactas apenas por um breve período de tempo, em parte por causa da quebra da espinha dorsal ( esqueleto ) de açúcar-fosfato mediada pelo grupo 2"OH . O curto tempo de vida de mRNAs serve bem a célula. Se mRNAs fossem persistir indevidamente , estas moléculas iriam dirigir a produção de proteínas no ribossoma para além do ponto necessário para a célula. Como desoxirribose e ribose, as nucleobases (adenina, guanina, citosina, timina e / uracilo) encontradas no DNA e RNA parecem ser as melhores escolhas possíveis. Por exemplo, uma pesquisa recente demonstra que estes nucleobases particulares exibem propriedades fotofísicas ideais. Radiação UV emitida pelo sol provoca danos no DNA e RNA. Os efeitos destrutivos destes comprimentos de onda eletromagnética se originam em grande parte a partir da absorção desta radiação pelos nucleobases.
Apesar que DNA e RNA rotineiramente sofrem danos fotofísicas, poderia ser muito pior. Verifica-se que as propriedades óticas das bases encontradas na natureza minimizam dano induzido por UV.18 Essas nucleobases absorvem a radiação UV maximalmente em comprimentos de onda, os mesmos que são mais eficazmente protegidos pelo ozono. Além disso, as estruturas químicas das nucleobases de DNA e RNA causam a radiação UV de ser eficientemente irradiada para fora depois de ter sido absorvida, o que limita a possibilidade de danos.
1) Biologia Molecular: Princípios de Genoma página Função 61
2) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4390864/
3) Cell's design, Fazale Rana
4) Philip Handler, ed., Biology and the Future of Man (New York: Oxford University Press, 1970), p. 134.
5) Kendrew, The Thread of Life, p. 63.
Última edição por Admin em Ter Jan 05, 2016 2:49 pm, editado 3 vez(es)